Эм зүйн тасаг нь 1955 оны 9-р сарын 20-нд 500 ортой Хүүхдийн төв эмнэлэг байгуулагдахад эмнэлгийн тасгуудад үйлчлэх нэг талын үйлчилгээтэй дотуур эмийн сангийн хэлбэрээр байгуулагджээ. Засгийн газрын шийдвэрээр 1975 онд Хүүхдийн эмнэлгийн эмийн санг Монгол улс дахь анхны хоёр талын үйлчилгээтэй эмийн сан болгон зохион байгуулж, 9-р эмийн сан хэмээн нэрлэж байжээ. Энэ үед эмийн сангиийн удирдах харьяалал өөрчлөгдөн Улаанбаатар хотын Эмийн Сангуудын Удирдах Конторын харьяанд шилжсэн. Эх, Хүүхдийн эмнэлгийн харъяанд 1995 оноос шилжин ирсэн бөгөөд Эх Нялхасын Эрдэм Шинжилгээний Төвийн эмийн сан гэж нэрлэгдэх болсон. 2001 онд Сангийн сайд, Улсын эм хангамжийн газрын даргын хамтарсан тушаалаар тэр үеийн эмнэлгийн эмийн сангуудын хоёр талын үйлчилгээг зогсоож зөвхөн эмнэлгийн нэг талын үйлчилгээтэй болгосон. Тус төвийн эмийн сангийн үе үеийн хамт олон эмнэлгийнхээ тасаг нэгжүүдийг хүүхдийн тунгаар тохируулан тугнасан нунтаг эм, тарилгын шингэн болон эмэгтэйчүүдийн өвчинд хэрэглэгддэг эм, лаа, тосон түрхлэг, цацлага гэх мэт ховор олдоцтой эмийг эмийн сандаа найруулан бэлтгэж, эм, эмнэлгийн хэрэгсэл, ариутгал халдваргүйтгэлийн бодис, лабораторийн оношлуур, урвалж бодисоор жигд хүртээмжтэй хангахын төлөө чармайн ажиллаж ирсэн. Энэхүү их ажлын дотроос маш их хариуцлага шаардсан хүнд ажил бол судсаар сэлбэх ариун тарилгын шингэн эм үйлдвэрлэх ажил байв. Ажлын нэг өдөрт дунджаар 30 гаруй нэр төрлийн 1000 гаруй ширхэг тарилгын шингэн үйлдвэрлэж, ариутган гаргадаг байсан.Эм зүйн алба нь Эмийн нөөцийн хэсэг, Хүүхдийн эмнэлгийн эм олгох хэсэг, Эх барих эмнэлгийн эм олгох хэсэг, Эмнэлзүйн эм зүйн хэсэг, эм найрлагын хэсэг гэсэн үндсэн бүтэцтэйгээр чанарын баталгаатай, аюулгүй, эмчилгээний үр нөлөө сайтай эм, эмнэлгийн хэрэгсэл, урвалж бодисоор тасралтгүй, жигд хүртээмжтэй хангаж, үйлчлүүлэгчдэд тохирсон эм зүйн тусламж үйлчилгээг үзүүлж, эмээс шалтгаалах эрсдэлийг бууруулахад чиглэн ажиллаж байна.